Article (Périodiques scientifiques)
The FASTCORE Family: For the Fast Reconstruction of Compact Context-Specific Metabolic Networks Models.
PACHECO, Maria; SAUTER, Thomas
2018In Methods in Molecular Biology, (1716), p. 101-110
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Mots-clés :
Algorithm; Constraint-based modeling; Context-specific; FBA; Metabolic modeling; Microarray; omics data integration
Résumé :
[en] The FASTCORE family is a family of algorithms that are mainly used to build context-specific models but can also be applied to other tasks such as gapfilling and consistency testing. The FASTCORE family has very low computational demands with running times that are several orders of magnitude lower than its main competitors. Furthermore, the models built by the FASTCORE family have a better resolution power (defined as the ability to capture metabolic variations between different tissues, cell types, or contexts) than models from other algorithms.
Disciplines :
Sciences du vivant: Multidisciplinaire, généralités & autres
Auteur, co-auteur :
PACHECO, Maria 
SAUTER, Thomas ;  University of Luxembourg > Faculty of Science, Technology and Communication (FSTC) > Life Science Research Unit
Co-auteurs externes :
no
Langue du document :
Anglais
Titre :
The FASTCORE Family: For the Fast Reconstruction of Compact Context-Specific Metabolic Networks Models.
Date de publication/diffusion :
2018
Titre du périodique :
Methods in Molecular Biology
ISSN :
1064-3745
Maison d'édition :
Humana Press, Totowa, Etats-Unis - New Jersey
Fascicule/Saison :
1716
Pagination :
101-110
Peer reviewed :
Peer reviewed
Focus Area :
Systems Biomedicine
Projet FnR :
FNR6041230 - Fast Reconstruction Of Context Specific Metabolic Network Models, 2013 (01/04/2013-31/10/2016) - Maria Irene Pires Pacheco
Disponible sur ORBilu :
depuis le 07 mars 2018

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